Flotilla se odehrává v alternativní historii v roce 1954, kdy se po atomovém výbuchu zvednou hladiny všech moří a zaplaví celou planetu. Hráči v rolích velitelů flotil budou získávat suroviny z moře, hledat přeživší a budovat svoji flotilu. Kdykoliv během hry se hráči mohou rozhodnou pro změnu života a přejít z života na vodě na život osadníka a začít tak určovat ekonomiku a budovat prostor pro rozrůstající se populaci.