Cílem hry Ezra a Nehemiah je získat na konci hry nejvíce vítězných bodů (VP). Body se získávají především stavbou chrámu, obnovou městských hradeb a bran a vyučováním Tóry navrátivší se vyhnance. Hráči se také mohou snažit rozvíjet své pozemky, cestovat do osad mimo městské hradby nebo rozdělávat oheň na oltáři, aby hořel ve dne v noci. Proroci Haggai a Zechariah se budou snažit, aby se lid soustředil na to, co je nejdůležitější.
Během tří týdnů (kol) budou hráči využívat své karty, dělníky a zdroje, aby se podíleli na obnově velkého města Jeruzaléma. Po šesti dnech práce přijde den šabatu, kdy bude potřeba se najíst a zamyslet se nad celotýdenní prací. Hra končí po ukončení třetího sabatu.